En af Akademikernes hovedopgaver er at arbejde for at sikre et attraktivt akademisk arbejdsmarked med gode løn- og ansættelsesvilkår. Dette sker bl.a. ved aftale- og overenskomstforhandlinger, hvor Akademikerne forhandler for de knapt 70.000 akademikere, der er ansat i staten, de godt 32.000 akademikere, der er ansat i regionerne, samt de knapt 37.000 akademikere, der er ansat i kommunerne.
Som forhandlingsorganisation udøver Akademikerne forhandlingsretten på overenskomstområdet for medlemmer af medlemsorganisationerne i det omfang, organisationerne har overladt denne til Akademikerne.
Efter tjenestemandsloven er Akademikerne centralorganisation og har således direkte forhandlings- og aftaleret for tjenestemandsansatte akademikere. Interesserne varetages ved aftale- og overenskomstforhandlinger som fællesforhandlinger for tjenestemændene og de overenskomstansatte. Akademikerne kan overlade forhandlingsretten til den enkelte medlemsorganisation i spørgsmål, der alene angår dennes medlemmer.
For så vidt angår generelle aftaler og forhold, varetager Akademikerne interesserne via det statslige forhandlingsfællesskab Centralorganisationernes Fællesudvalg (CFU), og via Forhandlingsfællesskabet på det kommunale og regionale område.
For akademikere, der er ansat efter overenskomst mellem Skatteministeriet (tidl. Finansministeriet) og Akademikerne/Akademikernes medlemsorganisationer, fører Akademikerne selv overenskomstforhandlinger med Skatteministeriet.
